הביקורת על החשבונות התקציביים נערכת באמצעות מבקר המדינה, מוסד ביקורת ממלכתי בישראל, שתפקידו להעביר ביקורת של יעילות וחיסכון. היות והחלטותיו החשובות ביותר של המנהל הציבורי מתבטאות במונחי התקצוב הציבורי.

סקירה זו מתמקדת בבחינת אופן התייחסותו של מבקר המדינה לגבי התקצוב הציבורי. הסקירה מציגה סוגי / שיטות תקציב מקובלות (על יתרונותיהן וחסרונותיהן), את התקציב הציבורי הנהוג בישראל, תפקידו של המבקר בביקורת על התקציב וכן מציגה דוגמאות לאופן התייחסותו של המבקר, כפי שהיא משתקפת בדוחות מבקר המדינה הישראלי והאמריקאי.

במדינת ישראל לא קיים הליך מסודר ומבוקר לקביעת סדרי עדיפות לאומיים, כלומר משרד האוצר מציג תוכנית אחת, המהווה הצעת תקציב ואותה הוא מגיש לאישור הממשלה. תכנית תקציבית זו הנה הבסיס למקח ולממכר הקודמים לאישור התקציב על ידי הממשלה.

ביקורת התקציב הציבורי וביצועו – דוחות  מבקר המדינה הישראלי

פיקוח מבקר המדינה, במסגרת דוח מבקר המדינה על תקציב המדינה וביצועו, נחלק לשבעה חלקים :

1. הצעת התקציב- בחלק זה מפורטת ההרשאה להוצאה ומוצגים יעדי התקציב.
2. חוק התקציב והשינויים בתקציב במהלך השנה.
3. ההוצאה למעשה – פירוט על הוצאות התקציב בפועל.
4. תמיכות במוסדות ציבור – משרדי הממשלה תומכים בכל שנה במוסדות ציבור רבים שאינם מוסדות המדינה ושפועלים בתחומי החינוך, התרבות, הדת, הרווחה, הבריאות, המדע וכו'.
5. שיא כוח אדם ותוצאות שכר – פיקוח על העסקת העובדים הקבועים והזמניים.
6. הכנסה ותקבולים בחשבון ההון.
7. הגירעון בתקציב.

על פי סקירת דוחות מבקר המדינה, על התקצוב הציבורי, ניתן לראות כי ביקורת המדינה  מבקרת את התקציב הציבורי בשני מישורים עיקריים: האחד הוא המישור החוקי – אשר בא לידי ביטוי נרחב בדוחות המבקר והמישור השני הוא המישור הרציונאלי – מתמקד באי יעילותה של המערכת התקציבית ומציע דרכים ופתרונות להבראתה.

המישור הרציונאלי, הוא למעשה האופן בו מתייחס מבקר המדינה, במסגרת ביקורתו על התקציב הציבורי, לשיטת התקציב הנהוגה בישראל, שיטה מיושנת, לא יעילה אשר תורמת לליקויים שונים, אותם מוצא מבקר המדינה לנכון לבקר בדוח השנתי. הליקויים הנובעים משיטת התקצוב התוספתית, בעיקר נוגעים לחוסר היעילות, חוסר בשיטתיות ובבדיקה מעמיקה ורציונאלית.