מבנה מהמאה ה-6 לס' ש"נשתל" אל תוך אזור שהיה בנוי, ולכן יש לו צורה מוזרה שלא אופיינית לבתי כנסת מאותה תקופה- הוא מאד צר וארוך, וציור על הקיר מתאר את המבנה.

מסמך אקדמי המתאר את ייחודו של הפסיפס בבית הכנסת בציפורי

העובדה שנאלצו לבנות את בית הכנסת בצורה כזו ארוכה וצר הביאה לשינויים בעיצוב הפנים שלו: אם בדרך כלל במבנה בזיליקה של אותם הימים יש נווה (אולם תווך) ומשני צידיו שתי סיטראות, פה יש רק סיטרא אחת, והספסלים המודרניים שהוצבו במקום לטובת המבקרים, נמצאים למעשה מחוץ לבית הכנסת.

בחזית רצפת הפסיפס יש ארון קודש ובו ספרי תורה. מתחת לארון הקודש אפשר לראות שני אריות וברצועה שמתחת- דגם של ארון קודש ושתי מנורות שבעת קנים משני צדדיו.

ליד המנורה יש שופר וארבעת המינים, שהפכו להיות סמלים יהודיים בעולם האומנות היהודי של תקופת המשנה והתלמוד, שכן עם חורבן בית שני קבע רבי יוחנן בן זכאי שורה של תקנות, ששתיים מהן נקראות "תקנות זכר למקדש", והן קשורות לשופר ולארבעת המינים.