"חיי יוסף" מצטרף ל"קדמוניות היהודים ו"מלחמת היהודים והרומאים" ומוגדר על ידי שוורץ כ"האוטוביוגרפיה של יוספוס.

סקירת ספרות  אשר דנה ומתארת הפרשיה האוטוביוגרפית של חיי יוסף.

חיבוריו של יב"מ ובהם "חיי יוסף" נשתמרו במרוצת מאות בשנים בידי נזירים נוצריים, כאשר מגמתם הייתה להוקיע את היהודים ולדחקם כיהדות שאבד עליה הכלח. תיאוריו של יב"מ שירתו אותם בכך שהם גוללו את החורבן, שריפת המקדש וקריסת עצמאות ישראל בארצן בשל חטאי ישראל וקיצוניותם של הקנאים שהביאו את המפלה. ספריו שימשו להם הוכחה בפני המאמינים הנוצרים כי היהודים חטאו ולכן הפר האל את בריתו איתם והעביר את בריתו לנוצרים, עם בואו של בן האל – המשיח.

מבנהו של "חיי יוסף" מורכב מארבעה חלקים עיקריים הכוללים 76 פרקים. החלק הראשון הוא מעין פרולוג המתאר בקצרה את חייו של יב"מ מילדותו ועד למינויו למפקד הגליל. יב"מ מתאר את אילן היוחסין שלו עליו הוא גאה מאד, לרבות ייחוסו לבית החשמונאים. הוא נולד וגדל בירושלים וזכה לחינוך יהודי משובח.

סיפור חייו של יב"מ אשר  אילץ אותו  להוכיח כי הוא יהודי מאמין בא לידי ביטוי בקיום מצוות הדת, כאשר אחת החידות לגבי דמותו של יב"מ היא האם הוא שמר את מצוות היהדות והאם נתפס כשומר אמונת ישראל בעיני הסביבה היהודית. ב"חיי יוסף" מוקדשים סעיפים  רבים להצגת דמותו של יב"מ כבעל אמונה באלוהי ישראל וכמי שמקפיד על מצוות התורה קלה כבחמורה.