הזרמת שפכים ותמלחות לקישון ולים, גרמה לזיהום הנחל והמפרץ ולנזקים סביבתיים לקרקע, לחי ולצומח. מעבר לכך על פי דוח ועדת החקירה בעניין ההשלכות הבריאותיות של פעולות צבאיות בנחל הקישון נמצא כי זהום מי הנחל מסכנים את הבריאות, מובילים לסיכונים רפואיים לצוללים במי הנחל.

סקירת הספרות הנוכחית בוחנת מהי השפעת זיהום מי הקישון על תחלואת הסרטן.

תא סרטני הוא תא קטלני במקרים רבים. הוא נובע ממגוון רב של סיבות, חלקן בשליטתנו וחלקן לא. במקרים רבים מחלת הסרטן לא ברת ריפוי. זו מחלה שיכולה לגעת בכולנו. האבסורד הוא הקשר הישיר בין זיהום אוויר וסביבה במפרץ חיפה לתושבים.

הפעילות החקלאית, תעשייתית, אזרחית וצבאית, מזהמת את מקורות המים בישראל  ובכלל זה מצויים גם הנחלים, ואכן חלק גדול מנחלי הארץ עדיין משמש כצינור ביוב להזרמת שפכים. זיהום הנחלים גורם לזיהום מי תהום, השמדת מערכות אקולוגיות, סכנה בריאותית

נחל הקישון חוצה את עמק זבולון ונשפך לים במפרץ חיפה. באגן הניקוז מתנקזים מספר רב של יובלים אשר החשוב שבהם הינו נחל ציפורי הכולל את נחל יפתחאל. יובלים נוספים הם הנחלים: עדשים, מזרע, צבי, נהלל, בית לחם, גדורה – מצפון, והנחלים תענך, קיני, מדרך, משמר, השופט, קרת, יקנעם, יגור, נשר וסעדיה – מדרום.

התעשייה, החקלאות ואזורי המגורים הזרימו את שפכיהם במשך עשרות שנים אל נחל הקישון, והפכו את הקישון בלתי ראוי לרחצה לבני אדם. מורד הנחל הפך, למעשה, לתעלת שפכים.