למבקר המדינה וכן למבקר הפנימי  הסמכות לדרוש ולקבל כל מידע נחוץ לצורך תפקודו. יחד עם זאת למבקר המדינה  סמכויות החקירה שהוקנו לי בסעיף 26 לחוק מבקר המדינה, התשי"ח-1958 (נוסח משולב)  לעומתו, למבקר הפנימי,  אין סמכות לחקור אנשים.

סקירת ספרות הבוחנת את השונה והדומה בין תפקידו של מבקר המדינה למבקר הפנים במשרדי הממשלה.

למבקר המדינה מספר תפקידים המייחדים אותו והם כוללת את הסמכות להציע הקמת וועדת חקירה ממלכתית, המבקר מכהן גם כנציב תלונות הציבור. יצוין כי מדינת ישראל הנה המדינה היחידה בעולם בה מוסד המבקר מקיים שתי פונקציות: מבקר וכן מטפל בתלונות הציבור.

המבקר גם רשאי לקבוע לרואה חשבון באיגוד קווים מנחים וכן למבקר תפקיד חשוב בתחום הוצאות המפלגות, בהתאם לחוק מימון מפלגות, התשל"ג-1973 ועל פעילותן לקראת בחירות ברשויות המקומיות, לפי חוק הרשויות המקומיות

מבקר המדינה וכן מבקרי הרשויות המקומיות והמבקרים בחברת ממשלתיות / ציבוריות עובדים על פי שיטת ביקורת זהה והיא השוואה  בין המצב הקיים כפי שהוא משתקף מתוך נתוני הגוף המבוקר  מול מודל של מצב רצוי ונורמטיבי. כלומר נערכת כאן השוואה בין הנורמה או התקן לבן הפעולה בפועל ותוצאותיה.

מבקר המדינה, במסגרת מילוי תפקידו אחראי בפני הכנסת בלבד ואינו תלוי הממשלה. המבקר פועל מתוך קשר עם וועדת הכספים ומוסר לה דו"ח על פעילותו בכל עת שנדרש על יד הוועדה או בכל עת שנראה לו. תקציב משרד המבקר מאושר על ידי הוועדה והיא המאשרת שינויים בתקציב.