התעשייה, החקלאות ואזורי המגורים הזרימו את שפכיהם במשך עשרות שנים אל נחל הקישון, והפכו את הקישון בלתי ראוי לרחצה לבני אדם. מורד הנחל הפך, למעשה, לתעלת שפכים. כיום, הקישון הוא הנחל המזוהם ביותר בנחלי ישראל, כאשר הזרמת שפכים ותמלחות לקישון ולים, גרמה לזיהום הנחל והמפרץ ולנזקים סביבתיים לקרקע, לחי ולצומח

סקירת ספרות  הבוחנת את הפעילות התעשייתית בנחל הקישון- היבטים משפטיים

האגף לחומרים מסוכנים במשרד איכות הסביבה, מתמודד עם מפעלים מסוכנים באמצעות רישוי, פיקוח על העוסקים בחומרים מסוכנים וקידום חקיקה המסדירה את השימוש בחומרים אלה.

מעבר להתייחסות למפעל המסוכן ופיקוח על החומרים המסוכנים המוחזקים בו, המשרד לאיכות הסביבה במסגרת תפקידו ראשי להגביל בנייה ו/או הרחבה של מפעלים וזאת על פי עריכת תסקיר השפעה על הסביבה. תסקיר זה נערך במסגרת חוק התכנון והבניה, התשכ"ה – 1965 ומהווה תנאי לקבלת היתר בנייה.

עם הקמת הרשות לנחל הקישון, בשנת 1995, החלו פעולות לטיהור מי הנחל ולהפחתת הזיהום. פעילות עיקרית בנושא מיגור הזיהום הייתה הפיקוח הקפדני והיומיומי בשטחי המפעלים ולאורך גדות הנחל. בפעילות זו נשמרת עין פקוחה של הרשות על פעילות התעשייה ומכון הטיהור במטרה לזהות כל חריגה מפעילותם הסדירה של המפעלים.

הפעילות הצבאים בנחל הקישון והשלכותיה מהווה דוגמה לנזקי הסביבה הנגרמים כתוצאה מזיהומו של נחל הקישון . הפרשה עלתה לכותרות  בשנת 2000  ודיווחה כי צלילות אנשי חיל הים בנחל הקישון הובילו  רבים מהם לקו במחלת הסרטן

בעקבות הפרשיה הוחלט על הקמתה של ועדת חקירה לבדיקת הפעילות הצבאית במימי הקישון. להקמת הוועדה קדם לחץ ציבורי אשר נבע מכמה וכמה פרסומים בכלי התקשורת אשר קשרו את התפתחותן של מחלות ממאירות בקרב לוחמי שייטת 13 לאימונים ולפעילות צבאית אחרת שעשו הלוחמים במימי הקישון