מיקרוביולוגיה רפואית היא ענף של מדע הרפואה העוסקת במניעה, אבחון וטיפול במחלות זיהומיות. בנוסף, בתחום זה מדע מחקרים שונים יישומים קליניים של חיידקים לשיפור בריאות האדם.

סקירת הספרות הנוכחית בוחנת את נושא המיקרוביום האנושי.

המיקרוביום האנושי מייצג את הגנום הקולקטיבי ואת מוצרי הגן של חיידקים החיים בתוך ובבני אדם. הרכב המיקרוביום האנושי הוא ספציפי לכל חלק בגוף, וכי לכל אדם יש מיקרוביום ייחודי.

מיקרוביוטיקה היא קהילה אקולוגית של מיקרואורגניזמים, סימביוטים ופתוגניים שנמצאת בכל האורגניזמים הרב-תאיים שנחקרו עד כה מצמחים ועד לבעלי חיים. מיקרוביוטה כוללת חיידקים, פטריות ווירוסים.

באדם בממוצע יש 100 טריליון חיידקים במעיים.  החיידקים והפטריות של החיידק המאכלסים את גופנו עולים בהרבה על תאי האדם שלנו. המיקרוביום הללו חיוניים לבריאותנו ולרווחתנו

המיקרוביום האנושי התפתח עם בני האדם לאורך כל מילניום, כאשר  האיזון הספציפי של המגוון הביולוגי במיקומים אנטומיים ספציפיים שונה בין בני אדם בשל שינויים, כגון היגיינה, התנהגויות חברתיות וגנטיקה.

מיקרוביוטה עשויה להשפיע לחיוב על פעילות אנטי-דלקתית ונוגדת חמצון, הסדרת תפקוד המעיים והפקת ויטמינים ומקורות אנרגיה.